Na área contábil, o Protheus permite a automatização e aperfeiçoa o monitoramento e o controle de todas as etapas, facilitando o acompanhamento do calendário contábil, o planejamento dos lançamentos, o controle de custos e de todo o patrimônio para a conclusão do balanço e o recolhimento de contribuições fiscais, como PIS e Confins.